Hermawan, Candra. 2015. Analisis Filogeni Kura-kura (Cuora amboinensis) Wilayah Ambon, Gorontalo, dan Luwu Berbasis Sekuen Gen Cytochrome b sebagai Buku Ajar Evolusi di Universitas Negeri Malang. Tesis, Program Studi Pendidikan Biologi, Pascasarjana, Universitas Negeri Malang. Pembimbing: (I) Prof. Dr. agr. H. Mohamad Amin, S.Pd., M.Si., (II) Dr. Endang Suarsini, M.Ked.
Kata Kunci: Filogeni, Cuora amboinensis, gen cytochrome b, buku ajar
Keberadaan Cuora amboinensis di Indonesia mengalami penurunan drastis dan terancam punah. Berdasarkan data dari International Union for Conservation of Nature and Nature Resources (IUCN) diketahui bahwa spesies ini memiliki resiko tinggi untuk mengalami kepunahan, telah terjadi penurunan jumlah pada 10 tahun terakhir sebanyak 20%. Upaya yang dapat dilakukan untuk mencegah menurunnya jumlah populasi kura-kura adalah melakukan konservasi dengan melihat kekerabatannya. Matakuliah evolusi hanya membahas evolusi secara umum, diperlukan bahan ajar yang membahas evolusi secara molekuler dan kontekstual guna menutupi kekurangan teori evolusi Darwin yang tidak mampu menjelaskan transfer informasi biologis dari generasi ke generasi. Penelitian ini dilaksanakan dengan tujuan untuk mengeksplorasi hubungan kekerabatan C. amboinensis wilayah Ambon, Gorontalo, dan Luwu dilihat dari analisis konstruksi pohon filogeni, jarak genetik, similaritas, substitusi nukleotida, dan haplotype network berdasarkan variasi sekuens gen cytochrome b; dan menghasilkan buku ajar Evolusi dari hasil analisis sekuen gen cytochrome b C. amboinensis dari wilayah tersebut.
Penelitian ini dilakukan dalam dua tahap, yaitu penelitian deskriptif eksploratif dan penulisan buku ajar untuk matakuliah Evolusi. Penelitian dalam laboratorium memiliki tahapan: isolasi DNA jaringan, purifikasi DNA, Poly Chain Reaction (PCR), elektroforesis horizontal, dan sekuensing gen. Penulisan buku ajar memiliki tahapan sesuai dengan pengembangan Borg & Gall, namun hanya dilakukan sampai tahap kelima: penelitian dan pengumpulan informasi, perencanaan, pengembangan produk awal, uji coba terbatas, dan revisi produk tahap awal.
Berdasarkan hasil penelitian diperoleh beberapa simpulan peniltian. Pertama, hasil analisis filogeni menunjukkan bahwa individu Cuora amboinensis dari daerah yang sama memiliki hubungan kekerabatan lebih tinggi dibanding dari daerah lain, namun terdapat anomali pada sampel Gorontalo 10 yang memiliki kekerabatan lebih dekat dengan wilayah Ambon. Kedua, buku ajar Pengantar Evolusi Molekuler berisi bahasan materi evolusi molekuler yang kontekstual dan mampu menutupi kekurangan teori evolusi Darwin yang tidak dapat menjelaskan transfer informasi biologis dari generasi ke generasi.